Traditia si legenda numelui spune ca in locul in care se afla astazi satul Ciobanu, nu exista nici o asezare omeneasca, decat cateva stane de oi ale unor ciobani veniti din Ardeal cu turmele lor.
In preajma salciilor batranei Dunari era iarba din destul, iar in partea nordica a actualei asezari a satului curgea paraul "Baroiu" care avea legatura cu Dunarea.
Fiind iarba din destul pentru oi, ciobanii si-au facut bordeie durabile, sapand gropi adanci in pamant, acoperite cu stuf, atat de indestulator in baltile apropiate.
Intr-un an ploios, revarsandu-se prea mult apele Dunarii, au inecat si salasurile ciobanilor, care
s-au retras mai pe creasta si intamplarea a facut ca unul din ciobani sa-si gaseasca sfarsitul in groapa bordeiului sau, care a devenit groapa de mormant, de la care s-a tras si denumirea veche a satului: "Groapa Ciobanului" iar cu timpul, ridicandu-se mai multe locuinte durabile a disparut cuvantul "groapa" ramanand numai cuvantul "Ciobanu".
Inmultindu-se numarul caselor, gospodarii au ridicat si o bisericuta in partea de nord-vest a satului, din gard de nuiele si pamant, care cu timpul s-a ruinat, obligand obstea credinciosilor sa ridice un locas de inchinare in mijlocul satului, din piatra si caramida, cu hramul "Sfantul Apostol si Evanghelist Ioan"
Dupa datele din Sinodicul bisericii, infiintat sub Arhipastorirea Episcopului Ilarie Teodorescu la dat de 1 mai 1925 si alcatuit de preotul Ioachim Morariu, rezulta ca noua constructie a actualei biserici s-a inceput in anul 1880 din initiativa unui comitet si cu darurile de la credinciosi.
Nu se cunosc numele membrilor comitetului. Constructia bisericii a durat timp de 16 ani, pana in anul 1896.
Din inscriptia asezata la intrare rezulta ca Sfantul Locas s-a sfintit in anul 1896 si apartinea de Episcopia Dunarii de Jos, al carei episcop era Partenie, iar protoiereul locului Constantin C. Radulescu.
Pictura veche a bisericii , care nu avea valoare istorica, a fost facuta de un oarecare pictor M.Stanescu imediat cu ridicarea Sfantului Locas.
Tot din Sinodic aflam ca primul preot al primei biserici (din gard de nuiele) a fost Iacob Florea, care a pastorit pana in anul 1874, cand a fost ucis de turci, iar ca slujitori ai noii biserici i-au succedat preotii : Mihalache Popescu, ce a pastorit pana in anul 1907, sub care s-a sfintit biserica in anul 1896, apoi preotul Alexe Morariu, ce a pastorit pana in anul 1909, urmandu-i preotul Andrei Popescu pana in anul 1923 ( mormantul acestuia se afla in partea nordica a bisericii).
In anul 1923 parohia ramane vacanta si este suplinita de ieromonahul Roman Ionescu, ce se va ocupa de destinele credinciosilor pana la data de 1 mai 1925 cand in locul sau vine ieromonahul Ioachim M.Morariu carela randu-i nu sta nici el mult caci la sfarsitul anului 1925 episcopul Gherontie numeste ca preot pe I.Apostol (invatator pregatit pentru Cadrilater ce pastoreste pana la 1 decembrie 1926 lasand in locul sau pe fiul sau Gheorghe Apostol.
In timpul celui de al doilea Razboi Mondial, biserica a fost profanata fiind resfiintita de episcopul Gherontie.
In urma cutremurului din 1940 frontalul bisericii a fost daramat, restaurarea fiind terminata in anul 1942.
Odata cu instalarea dictaturii comuniste viata religioasa din parohie s-a restrans strict la activitatile rituale.Preotii care s-au succedat in aceasta perioada nu au reusit sa impiedice transformarea casei parohiale in gradinita iar mai apoi in groapa de gunoi a satului. Biserica insasi s-a deteriorat atat la exterior cat si in interior.
In 1974 a fost numit ca preot un tanar teolog Costea Vasile care in decursul celor 30 de ani de pastoratie a reusit sa refaca atat biserica cat si viata religioasa a comunitatii.
In ciuda presiunilor intampinate (sotia a fost data afara din serviciu pe motiv ca e sotie de preot) din partea autoritatilor timpului, preotul Costea Vasile a reusit sa recapete casa parohiala si sa curete groapa de gunoi de langa ea.Refacerea din temelii a casei parohiale a fost urmata la scurt timp de cea a bisericii caci la cutremurul din martie 1977 biserica a suferit mari avarii aproape prabusindu-se.
Lucrarile de restaurare si consolidare au debutat in anul 1979 dupa o dura lupta pentru obtinerea autorizarii lucrarilor. In 1982 munca de consolidare a luat sfarsit urmandu-i cea de pictare si de inzestrare cu strane noi sculptate. Intre 1983-1984 s-a facut noua pictura in fresca de catre pictorul M.Radulescu acelasi care a pictat si celebra manastire Dervent din sud-vestul Dobrogei.
In 1985 biserica a fost inzestrata cu strane sculptate de un mester popular din Grumazesti-Neamt.
Toate aceste lucrari s-au desfasurat sub indrumare I.P.S.Dr.Antim Nica, Arhiepiscop al Tomisului si Dunarii de Jos cu multe stradanii si cu sprijinul sufletesc si material al credinciosilor.
Dupa evenimentele din decembrie 1989, viata religioasa din parohia Ciobanu renaste. In iunie 1992 biserica este din nou sfintita de catre I.P.S.Lucian Florea, Arhiepiscopul Tomisului, protoiereu fiind preotul Costache Aurel. Cladirea rezistase cu brio cutremurelor din 1986 si 1990.
Intre anii 2002 si 2003 datorita conlucrarii dintre preotul Costea Vasile si primarul Suciu Ioan, s-au inlocuit tocaria de la geam si de la usi cu modernele termopane, s-a inchis pridvorul pentru a se putea organiza un cabinet parohial si s-a introdus incalzirea centrala. In anul 2004 gratie aceleasi colaborari fericite s-a construit o trapeza modernainlocuit gardul ce imprejmuieste biserica si s-au pus trotoare noi.